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后期墨家在《墨子》第四十至四十五篇中构建了独特的哲学体系，这些篇章合称《墨经》，包含逻辑、伦理、科学等思想。其核心是通过墨经逻辑分析方法，以定义、解释和举例（大曲、小曲）的形式，系统论证墨子主张并批判儒家观点。
在知识论领域，《墨经》提出知识来源分类法，将知识分为直接经验、权威传递及逻辑推论三类，并强调名实对应原理，即“名”是事物的代号，“实”是具体对象。后期墨家认为，认知需依赖感官与思维器官“心”的结合，形成对事物的分析与解释。
针对伦理主张，《墨经》继承墨子趋利避害准则，提出“利为义本”的功利主义思想，主张行动应遵循“利中取大，害中取小”。兼爱理论进一步强调“爱人需周遍”，并通过墨经辩证方法论反驳“无穷”与“杀盗非杀人”等反对观点，论证兼爱的可行性。
后期墨家运用逻辑方法批判其他学派。例如，以名实对应原理反驳名家“合同异”的模糊性，指出“同”存在类同、体同等差异；针对道家“绝学无忧”观点，强调学与教的关联性，揭示其自相矛盾。此外，《墨经》还通过反证法批评庄子“齐是非”的不可知论，主张辩论胜负需以实际验证为标准。
最终，后期墨家通过墨经逻辑思想构建了以实证和实用为核心的哲学体系，其逻辑严密性在古代中国哲学中独树一帜，尤其在知识论与辩证方法论上的贡献超越同期其他学派。